Ein Irismikroskop gewährt Einblicke auf den Teil, der beim Auge die Farbe bestimmt, die Iris.

Die Iris besteht aus Bindegewebe und stellt damit eine, genauer gesagt die einzige Möglichkeit dar, einen Blick direkt ins Bindegewebe zu werfen, ohne dass man Gewebe aufschneiden muß. Aus Farbe, Struktur, Struma oder Pupille kann man die Grundkonstitution der Patienten herauslesen.

Im Lauf der Zeit stellte sich heraus, dass Patienten, die an einer bestimmten Krankheiten litten, z.B. Rheuma, Ähnlichkeiten in ihrer Iris aufwiesen. Diese Beobachtungen wurden gesammelt und es entstanden Landkarten, die dies dokumentierten und auf denen Organzuordnungen durchgeführt werden konnten, die dem Untersucher eine Orientierung ermöglichen, ähnlich wie einem Kapitän die Seekarte.